KINFO: Erikoistyöpaikka biokemistille

[Venla Kumpulainen]

Tarjolla erikoistyöaihetta biolääketieteen alalta, alla tarkemmin tietoa paikasta ja ryhmältä tullut viesti:



Hei !

Tutkimusryhmämme etsii motivoitunutta Pro gradu – tutkielman tekijää kilpirauhasen genetiikkaan liittyvään tutkimukseen. Alla yleinen kuvaus tutkimusryhmämme aiheista ja tavoitteista. Tutkimuksessa käytetään laajalti eri molekyylibiologian menetelmiä ja se sisältää myös ns. next-generation- sequencing – datan analysointia. Erityisesti siis molekyylibiologian, genetiikan ja bioinformatiikan menetelmien osaaminen katsotaan eduksi. Fysiologian laitos toimii yhteistyössä myös Turun tautimallinnuskeskuksen kanssa (TCDM) ja tarjoaa hyvät mahdollisuudet projektin suorittamiselle. Työn voi aloittaa heti. 

Mikäli kiinnostuit - ota yhteyttä ja tiedustele lisää !
email: jukka.kero at utu.fi 
Jukka Kero, MD,PhD, Fysiologia, Biolääketiede, Kiinamyllynkatu 10, 20520 Turku

Tutkielman aihe: Uudet geenimutaatiot kilpirauhassairauksissa

Taustaa: Synnynnäinen hypotyreoosi (CH) on tavallinen endokriininen sairaus, jota esiintyy keskimäärin yhdellä 3 500 vastasyntyneestä. Hoitamattomana se johtaa vaikeaan kehitysvammaisuuteen ja kretinismiin. Synnynnäisen hypotyreoosin (CH) epidemiologiaa eikä genetiikkaa ole aiemmin selvitetty Suomessa. Geneettisessä tutkimusosiossa, mahdollisen geenivirheen löytyminen CH:ta sairastavilta mahdollistaisi vielä nykyistä tehokkaamman seulonnan kehittämisen ja entistä tarkemman geneettisen neuvonnan antamisen potentiaalisesti kehitysvammaisuutta aiheuttavalle sairaudelle.

Tutkimusryhmän tavoitteena on uusien geenimutaatioiden löytäminen periytyvien kilpirauhassairauksien taustalta ja selvittäää sairauden molekyylibiologinen tausta in vivo ja in vitro mallien avulla yhdessä Turun tautimallinnuskeskuksen kanssa. Kliinisen tutkimuksen ohella tutkimus pyrkii perustutkimustasolla selvittämään uusien signalointireittien, erityisesti G-proteiinien ja mikroRNA:n merkitystä kilpirauhasen fysiologialle eläinmallien avulla.

Tämä tutkimusprojekti on osa laajempaa tutkimusta. Toistaiseksi olemme löytäneet 10 sukua, joissa esiintyy perinnöllistä synnynnäistä hypotyreoosia. Pyrimme selvittämään näiden potilaiden geenivirheen, perinteisen sekvensointimenetelmä/kandidaattigeenianalyysin, ns next-generation- sequencing ja geenikytkentä menetelmien avulla. Jatkotöissä löydetyt mutaatiot validoidaan sekvensoinnilla ja in silico testein. Tämän jälkeen mutaation funktiota testataan in vitro kokein. 

Tutkimuksen tavoite: Löytää uusia geenimutaatioita perinnöllistä kilpirauhassairautta sairastavilta potilailta ja valivoida sekä selvittää mutaatioiden funktio kilpirauhaselle.

Aineisto ja menetelmät: Tutkimuksessa analysoidaan tutkimuspotilaiden sekvensointidataa ja validoidaan jo löytyneitä mutaatioita. Tämän jälkeen mutaatioiden funktio testataan in vitromalleilla. Tutkimus sisältää esimerkiksi targetoidun geenimutaatiovektorin tekemisen ja mutaation vaikutuksen testauksen soluviljelyssä, reportterigeenin avulla esim lusiferaasi assayllä.Toisessa projektissa testattaisiin potilaalta löytyneen geenivariantin ja geenin inhibition (siRNA:lla) vaikutuksia esim kilpirauhasgeeniekspressioon ja solujen toimintaan (cAMP tuotanto, proliferaatio). Projekeissa olisi mahdollista myös tutkia kilpirauhastautimallia (kilpirauhasspesifisiä KO hiiriä) ja avustaa fenotyypin karakterisoinnissa (mm. geeniekspression tutkiminen qPCR:llä, immunohistokemia analyysi ym.).



Graduate student position (Master Thesis-project) available at the Department of Physiology, Institute of Biomedicine, University of Turku

Our research group is searching for highly motivated students with natural science background to study the genetics of thyroid diseases, to find out and investigate role of novel gene mutations in thyroid function. The studies involve variety of molecular and cell biology research methods, in silico data analysis, and in vitro assays and optionally studies on experimental animals. Candidate should have a strong background/interest genomics, bioinformatics and molecular biology and physiology. Prior research experience with molecular biology techniques and bioinformatics analyses is preferred.

The Department is well equipped with facilities for modern molecular and cell biology research. The close connection with Turku Center for Disease Modeling (TCDM) offers excellent facilities and infrastructure to perform experiments.


If you are interested, please contact, the work is possible to start immediately.

Contact: jukka.kero at utu.fi 
Jukka Kero, MD,PhD, Fysiologia, Biolääketiede, Kiinamyllynkatu 10, 20520 Turku

The topic of the project:  Role of novel gene mutations in thyroid function 

Short introduction: We are studying the genetics of thyroid diseases, specifically the genetics of congenital hypothyroidism (CH) in Finland. CH is one of the most common preventable causes of mental retardation affecting every 1:3000 newborn worldwide. The incidence of CH has been reported to be increasing, but the etiology is largely unknown. The genetics of CH has not been studied in Finland so far. We have collected pedigrees of patients with hereditary CH, or other thyroid patients expected to carry a gene mutation, and aim to find novel causes for the disease using traditional sequencing methods, next-generation sequencing and gene linkage analysis.  After validation of the mutation, the functionality of the found mutations will be tested in vitro. 

Aim of the study: To identify new and validate already found gene mutations in patients with hereditary thyroid disease and test the functionality of these mutations.  

Acquired experience and methods: The first part of the study requires analysis of the next generation sequencing data from the CH patients. In the second part the putative mutations will be then confirmed by traditional sequencing methods. In the third part the mutations will be tested in vitro systems. This would require e.g. establishment of the in vitro “read-out” systems, cloning of the wt and mutated thyroid genes in expression vector, transfecting them to cells together with reporter plasmids.



viestin välitti
Venla Kumpulainen
TYK ry